dr hab. Marta Dudek

Profesor Instytutu, Dział Chemii Strukturalnej

Telefon: (+48) (42) 68 03 239

Email:

Pokój: bud. D, pokój 101 (piętro I, nad halą z dyfraktometrami)

Strona www

ORCID ID

Zainteresowania naukowe

Interesuję się zastosowaniem i rozwojem komputerowego przewidywania struktur krystalicznych (CSP) do rozwiązywania trudnych problemów strukturalnych. W szczególności staram się łączyć metodę CSP z zaawansowanymi metodami NMR w ciele stałym oraz proszkową dyfrakcją rentgenowską do opisania struktur krystalicznych związków, które umykają poznaniu za pomocą innych technik analitycznych. Zajmuję się również poznaniem i zrozumieniem preferencji krystalizacyjnych związków organicznych, oddziaływań w sieci krystalicznej, tendencji do tworzenia (lub nie) polimorfów, solwatomorfów i kokryształów. W wolnej chwili interpretuję widma NMR w roztworze, głównie dla związków wyizolowanych z surowców naturalnych.

Realizowane granty

• Grant NCN Sonata Bis nr 2022/46/E/ST4/00392 „Ku zrozumieniu polimorfizmu i ścieżek krystalizacji organicznych kryształów molekularnych”, okres realizacji 03/07/2023 – 03/07/2028
• Grant NCN Sonata nr 2018/31/D/ST4/01995 „Zastosowanie przewidywania struktur krystalicznych (CSP) i krystalografii NMR jako nowoczesnych narzędzi w określaniu struktur krystalicznych nowych polimorfów i solwatomorfów substancji aktywnych farmakologicznie”, okres realizacji 01/07/2019 – 20/09/2023
• Grant “Mobilność Plus” Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego nr 1664/MOB/V/2017/0 “Poszukiwanie polimorfów i solwatomorfów substancji aktywnych farmakologicznie z zastosowaniem komputerowego przewidywania struktur krystalicznych”, okres realizacji 01/02/2018 – 31/01/2019
• Grant NCN Fuga nr 2015/16/S/ST4/00466 “Badania struktury i dynamiki procyjanidyn pochodzenia naturalnego z wykorzystaniem krystalografii NMR”, okres realizacji 01/10/2015 – 30/09/2017
• Mazowieckie Stypendium Doktoranckie finansowane w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego 2004 – 2006 przez Europejski Fundusz Społeczny oraz budżet państwa – projekt „Struktura ksylozydów triterpenowych wyizolowanych z Cimicifuga racemosa: badania NMR i modelowanie molekularne” realizowany w okresie 30/06/2009 – 31/12/2011

Publikacje

59. K. Roztocki, M. Szufla, F. Formalik, V. Bon, A. Krawczuk, P. Paluch, M. K. Dudek, S. Kaskel, D. Matoga. Theoretical and experimental insights into the spatial distribution of functional groups in multivariate flexible metal-organic framework JUK-8(Br)(NO2) ChemRxiv 2024 link

58. M. K. Dudek. Crystal Structure Prediction. Chapter in NMR Crystallography 2024 ed. David Bryce, Royal Society of Chemistry

57. M. K. Dudek, K. Trzeciak, J. Zając, S. Kaźmierski, E. Pindelska, M. Potrzebowski, L. Tajber, T. Makowski, M. Svyntkivska. A new look at the mechanism of cocrystal formation and coformers exchange in processes forced by mechanical and/or thermal stimuli – ex situ and in situ studies of low-melting eutectic mixtures. Chem. Eur. J. 2024, 30, e202302138 link

56. A. Jeziorna, P. Paluch, J. Zając, R. Dolot, M. K. Dudek. Crystallization of elusive polymorphs of meloxicam informed by crystal structure prediction. Cryst. Growth Des. 2023, 23, 5998–6010 link

55. A. H. Mazurek, Ł. Szeleszczuk, K. Bethanis, M. K. Dudek, M. Zielińska-Pisklak, D. M. Pisklak. 17-β-Estradiol – β-Cyclodextrin Complex as Solid: Synthesis, Structural and Physicochemical Characterization. Molecules 2023, 28(9), 3747 link

54. M. Kołtun-Jasion, P. Sawulska, A. Patyra, M. Woźniak, M. K. Dudek, A. Filipek, A. K. Kiss. Bio-Guided Isolation of Compounds from Fraxinus excelsior Leaves with Anti-Inflammatory Activity. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24(4), 3750 link

53. A. Trimdale-Deksne, A. Kons, L. Orola, A. Mishnev, D. Stepanovs, L. Mazur, M. Skiba, M. K. Dudek, N. Fantozzi, D. Virieux, E. Colacino, A. Bērziņš. Crystallographic and Computational Analysis of the Solid-Form Landscape of Three Structurally Related Imidazolidine-2,4-dione Active Pharmaceutical Ingredients: Nitrofurantoin, Furazidin, and Dantrolene. Cryst. Growth Des. 2023, 23, 930–945 – praca finansowana przez Narodowe Centrum Nauki (2018/31/D/ST4/01995) link

52. K. Trzeciak, E. Wielgus, S. Kazmiesrski, M. Khalaji, M. K. Dudek, M. J. Potrzebowski. Unexpected Factors Affecting the Kinetics of Guest Molecule Release from Investigation of Binary Chemical Systems Trapped in a Single Void of Mesoporous Silica Particles. ChemPhysChem 2023, 24, e202200884 link

51. M. Anderson, M. Bennett, R. Cedeno, M. K. Dudek, K. Fichthorn, et al. Growing crystals by design: general discussion. Faraday Discuss., 2022, 235, 383-405 link

50. R. Cedeno, A. Cruz-Cabeza, R. Drummond-Brydson, M. K. Dudek, K. Edkins, et al. Controlling polymorphism: general discussion. Faraday Discuss., 2022, 235, 508-535 link

49. M. W. Anderson, M. Bennett, R. Cedeno, H. Cölfen, S. J. Cox, A. J. Cruz-Cabeza, J. J. De Yoreo, R. Drummond-Brydson, M. K. Dudek, et al. Understanding crystal nucleation mechanisms: where do we stand? General discussion. Faraday Discuss., 2022, 235, 219-272 link

48. A. Patyra, M. Kołakowski, M. K. Dudek, A. K. Kiss. Isolation of trachelogenin 4-O-β-D-glucoside from the fruits of Carthamus tinctorius L. Prospects Pharm. Sci. 2022, 20, 24–30 link

47. Chotera-Ouda A., Jeziorna A., Kazmierski S., Dolot R., Dudek M. K., Potrzebowski M. J. „Crystal memory” affects the properties of peptide hydrogels – the case of the cyclic Tyr-Tyr dipeptide. Chem. Eur. J. 2022, 28, e202202005 – praca finansowana przez Narodowe Centrum Nauki (2018/31/D/ST4/01995) link

46. Patyra A., Dudek M. K., Kiss A. K. LC-DAD–ESI-MS/MS and NMR Analysis of Conifer Wood Specialized Metabolites. Cells 2022, 11, 3332 link

45. Herc A. S., Dudek M. K., Kaźmierski S., Bojda J., Kaczorowski W., Januszewicz B., Kowalewska A. Spontaneous formation of hierarchical structures in some polylactide/polysilsesquioxane blends. CrystEngComm 2022, 24, 7465-7481 link

44. Khalaji M., Paluch P., Potrzebowski M. J., Dudek M. K. Narrowing down the conformational space with solid-state NMR in crystal structure prediction of linezolid cocrystals. Solid State Nucl. Magn. Reson. 2022, 121, 101813 – praca finansowana przez Narodowe Centrum Nauki (2018/31/D/ST4/01995) link

43. Dudek M. K., Drużbicki K. Along the road to crystal structure prediction (CSP) of pharmaceutical-like molecules. CrystEngComm 2022, 24, 1665-1678 – praca finansowana przez Narodowe Centrum Nauki (2018/31/D/ST4/01995) link

42. Gleńsk M., Dudek M. K., Kinkade P., Santos E. C. S., Glinski V. B., Ferreira D., Seweryn E., Kaźmierski S., Calixto J. B., Glinski J. A. Isolation of Echimidine and Its C-7 Isomers from Echium plantagineum L. and Their Hepatotoxic Effect on Rat Hepatocytes. Molecules 2022, 27, 2869 link

41. Koźmiński P., Gawęda W., Rzewuska M., Kopatys A., Kujda S., Dudek M. K., Halik P. K., Królicki L., Gniazdowska E. Physicochemical and Biological Study of 99mTc and 68Ga Radiolabelled Ciprofloxacin and Evaluation of [99mTc]Tc-CIP as Potential Diagnostic Radiopharmaceutical for Diabetic Foot Syndrome Imaging. Tomography 2021, 7, 829-842 link

40. Bieszczad B., Garbicz D., Switalska M., Dudek M. K., Warszycki D., Wietrzyk J., Grzesiuk E., Mieczkowski A. Improved HDAC Inhibition, Stronger Cytotoxic Effect and Higher Selectivity against Leukemias and Lymphomas of Novel, Tricyclic Vorinostat Analogues. Pharmaceuticals 2021, 14, 851 link

39. Gleńsk M., Dudek M. K., Rybacka A., Włodarczyk M., Fecka I. Triterpenoids from strawberry Fragaria × ananassa Duch. cultivar Senga Sengana leaves. Ind. Crops Prod. 2021, 169, 113668 (1-8) link

38. Dudek M. K., Kaźmierski S., Potrzebowski M. J. Fast and Very Fast MAS Solid State NMR Studies of Pharmaceuticals. Annual Rep. NMR Spectrosc. 2021 link

37. Khalaji M., Potrzebowski M. J., Dudek M. K. Virtual Cocrystal Screening Methods as Tools to Understand the Formation of Pharmaceutical Cocrystals—A Case Study of Linezolid, a Wide-Range Antibacterial Drug. Cryst. Growth Des. 2021, 21, 2301–2314 link

36. Michał Gleńsk, Marta K. Dudek, Maciej Ciach^, Maciej Włodarczyk. Isolation and structural determination of flavan-3-ol derivatives from the Polypodium vulgare L. rhizomes water extract. Nat. Prod. Res. 2021, 35, 1474-1483 link

35. Khalaji M., Wróblewska A., Wielgus E., Bujacz G. D., Dudek M. K., Potrzebowski M. J. Structural variety of heterosynthons in linezolid cocrystals with modified thermal properties. Acta Cryst. 2020, B76, 892–912 link

34. Dudek M. K., Śniechowska J., Wróblewska A., Kaźmierski S., Potrzebowski M. J. Cocrystals “divorce and marriage”: when a binary system meets an active multifunctional synthon in a ball mill. Chem. Eur. J. 2020, 26, 13264-13273 link

33. Dudek M. K., Paluch P., Śniechowska J., Nartowski K. P., Day G. M., Potrzebowski M. J. Crystal structure determination of an elusive methanol solvate – hydrate of catechin using crystal structure prediction and NMR crystallography. CrystEngComm 2020, 22, 4969-4981 – praca finansowana przez Narodowe Centrum Nauki (UMO-2018/31/D/ST4/01995) link

32. Bieszczad B., Garbicz D., Trzybiński D., Dudek M. K., Woźniak K., Grzesiuk E., Mieczkowski A. Unsymmetrically-Substituted 5,12-dihydrodibenzo[b,f][1,4]diazocine-6,11-dione Scaffold – A Useful Tool for Bioactive Molecules Design. Molecules 2020, 25, 2855 (1-24) link

31. Pawłowska K. A., Hałasa R., Dudek M. K., Majdan M., Jankowska K., Granica S. Antibacterial and anti-inflammatory activity of bistort (Bistorta officinalis) aqueous extract and its major components. Justification of the usage of the medicinal plant material as a traditional topical agent. J. Ethnopharmacol. 2020, 260, 113077 link

30. Dudek M.K., Paluch P., Pindelska E. Crystal structures of two furazidin polymorphs revealed by a joint effort of crystal structure prediction and NMR crystallography. Acta Cryst. 2020, B76, 322-335 – praca finansowana przez Narodowe Centrum Nauki (UMO-2018/31/D/ST4/01995) link

29. Katarzyna Trzeciak, Piotr Paluch, Tomasz Pawlak, Artur Różański, Marta K. Dudek, Marek J Potrzebowski. The influence of the stereochemistry and C-end chemical modification of dermorphin derivatives on the peptide-phospholipid interactions. Biochim. Biophys. Acta, Biomembranes 1862, 2020, 183066 link

28. Gliński J.A., Proudfoot J., Madura I., Zhang H., Gleńsk M., Day V., Dudek M.K. Spontaneous Stereoselective Oxidation of Crystalline Avermectin B1a to its C-8a-(S)-Hydroperoxide. J. Nat. Prod. 2019, 82, 3477−3481 link

27. Marta K. Dudek, Ewelina Wielgus, Piotr Paluch, Justyna Śniechowska, Maciej Kostrzewa, Graeme M. Day, Grzegorz D. Bujacz, Marek J. Potrzebowski. Understanding the formation of apremilast cocrystals. Acta Cryst. B 2019, B75, 803-814 link

26. Kamila Kołacińska, Timothy A. DeVol, Ayman F. Seliman, Valery N. Bliznyuk, Jakub Dudek, Marta K. Dudek, Piotr Piotrowski, Marek Trojanowicz. Application of new covalently-bound diglycolamide sorbent in sequential injection analysis flow system for sample pretreatment in ICP-MS determination of 239Pu at ppt level. Talanta 2019, 205, 120099 link

25. Marta K. Dudek, Graeme M. Day. Explaining crystallization preferences of two polyphenolic diastereoisomers by crystal structure prediction. CrystEngComm 2019, 21, 2067-2079 link

24. Marta K. Dudek, Maciej Kostrzewa, Piotr Paluch, Marek J. Potrzebowski. π-Philic molecular recognition in the solid state as a driving force for mechanochemical formation of apremilast solvates and cocrystals. Cryst. Growth Des. 2018, 18, 3959–3970 link

23. Marta K. Dudek, Sławomir Kaźmierski, Maciej Kostrzewa, Marek J. Potrzebowski. Solid state NMR studies of molecular crystals. Annual Reports on NMR Spectroscopy 2018, vol. 95, 1-81 link

22. Piotr F. J. Lipiński, Piotr Garnuszek, Michał Maurin, Raphael Stoll, Nils Metzler-Nolte, Artur Wodyński, Jan Cz. Dobrowolski, Marta K. Dudek, Monika Orzełowska, Renata Mikołajczak. Structural studies on radiopharmaceutical DOTA-minigastrin analogue (CP04) complexes and their interaction with CCK2 receptor. EJNMMI Research 2018, 8:33, 1-10 link

21. Marta Woźniak, Barbara Michalak, Joanna Wyszomierska, Marta K. Dudek, Anna K. Kiss. Effects of phytochemically characterized extracts from Syringa vulgaris and isolated secoiridoids on mediators of inflammation in a human neutrophil model. Front. Phramacol. 2018, 9, 349(1-15) link

20. Monika E. Czerwińska, Marta K. Dudek, Karolina A. Pawłowska, Maria Ziaja, Sebastian Granica. The influence of procyanidins isolated from small-leaved lime flowers (Tilia cordata Mill.) on human neutrophils. Fitoterapia 2018, 127, 115–122 link

19. Marta K Dudek, Ewelina Wielgus, Piotr Paluch, Marek Potrzebowski. Spontaneous keto-enol tautomerization in the crystal lattice visualized with the help of water encapsulated in hydrophilic reservoirs. ChemPhysChem 2017, 18, 2850–2854 link

18. Marta K. Dudek, Grzegorz Bujacz, Marek J. Potrzebowski. Experimental tests for quality validation of computationally predicted crystal structures –  a case of a conformationally flexible procyanidin A2 dihydrate. CrystEngComm 2017, 19, 2903–2913 link

17. Marta K. Dudek, Vitold B. Gliński, Matthew H. Davey, Daniel Sliva, Slawomir Kaźmierski, Jan A. Gliński. Trimeric and tetrameric A-type procyanidins from peanut skins. J. Nat. Prod. 2017, 80, 415–426 link

16. Aneta Wróblewska, Piotr Paluch, Ewelina Wielgus, Grzegorz Bujacz, Marta K. Dudek, Marek Potrzebowski. Approach toward the understanding of coupling mechanism for EDC reagent in solvent free mechanosynthesis. Org. Lett. 2017, 19, 5360–5363 link

15. Marta K. Dudek, Barbara Michalak, Marta Woźniak, Monika E. Czerwińska, Agnieszka Filipek, Sebastian Granica, Anna K. Kiss. Hydroxycinnamoyl derivatives and secoiridoid glycoside derivatives from Syringa vulgaris flowers and their effects on the pro-inflammatory responses of human neutrophils. Fitoterapia 2017, 121, 194–205 link

14. Marta K. Dudek, Tomasz Pawlak, Piotr Paluch, Agata Jeziorna, Marek J. Potrzebowski. A multi-technique experimental and computational approach to study the dehydration processes in the crystals of endomorphin opioid peptide derivative. Cryst. Growth Des. 2016, 16, 5312–5322 link

13. Marta K. Dudek, Agata Jeziorna, Marek J. Potrzebowski. Computational and experimental study of reversible hydration/dehydration processes in molecular crystals of natural products – a case of catechin. CrystEngComm 2016, 18, 5267–5277 link

12. Marta K. Dudek, Łukasz Dudkowski, Agnieszka Bazylko, Sławomir Kaźmierski, Anna K. Kiss. Caffeic acid derivatives isolated from the aerial parts of Galinsoga parviflora and their effect on inhibition of the oxidative burst in human neutrophils. Phytochem. Lett. 2016, 16, 303–310 link

11. Sebastian Granica, Agnieszka Kłębowska, Michał Kosiński, Jakub P. Piwowarski, Marta K. Dudek, Sławomir Kaźmierski, Anna K. Kiss. Effects of Geum urbanum root extracts and its constituents on polymorphonuclear leucocytes functions. Significance in periodontal diseases. J. Ethnopharmacol. 2016, 188, 1–12 link

10. Joanna E. Rode, Jerzy Narbutt, Marta K. Dudek, Sławomir Kaźmierski, Jan Cz. Dobrowolski. On the conformation of the actinide-selective hydrophilic SO3-Ph-BTP ligand in aqueous solution. A computational study. J. Mol. Liquids 2016, 219, 224–231 link

9. Michał Gleńsk, Jan A. Gliński, Marta Jamróz, Piotr Stefanowicz, Sławomir Kaźmierski. Phenolic constituents from Alchornea castaneifolia. Rec. Nat. Prod. 2016, 10:1, 32–39 link

8. Marta K. Dudek (Jamróz), Slawomir Kaźmierski, Kamil Stefaniak, Vitold B. Gliński, Jan. A. Gliński. Conformational equilibria in selected A-type trimeric procyanidins. Org. Biomol. Chem. 2014, 12, 9837–9844 link

7. Marta K. Jamróz, Katarzyna Paradowska, Katarzyna Zawada, Katerina Makarova, Sławomir Kaźmierski, Iwona Wawer. ¹H and ¹³C NMR-based sugar profiling with chemometric analysis and antioxidant activity of herbhoneys and honeys. J. Sci. Food Agric. 2014, 94, 246–255 link

6. Marta K. Jamróz, Michal H. Jamróz, Jan Cz. Dobrowolski, Jan A. Gliński, Michal Gleńsk. One new and six known triterpene xylosides from Cimicifuga racemosa: FT-IR, Raman and NMR studies and DFT calculations. Spectrochim. Acta A 2012, 93, 10–18 link

5. Katarzyna Paradowska, Marta K. Jamróz, Mariola Kobyłka, Ewelina Gowin, Paulina Mączka, Robert Skibiński, Łukasz Komsta. Detection of drug active ingredients by chemometric processing of solid-state NMR spectrometry data – the case of acetaminophen. J AOAC Int. 2012, 95, 704–707 link

4. Natalia Wszelaki, Katarzyna Paradowska. Marta K. Jamróz, Sebastian Granica, Anna Kiss. Bioactivity-guided fractionation for butyrylcholinesterase inhibitory activity of furanocoumarins from Angelica archangelica L. roots and fruits. J. Agric. Food Chem. 2011, 59, 9186–9193 link

3. Marta K. Jamróz, Katarzyna Paradowska, Jan A. Gliński, Iwona Wawer. ¹³C CPMAS NMR studies and DFT calculations of triterpene xylosides isolated from Actaea racemosa. J. Mol. Struct. 2011, 994, 248–255 link

2. Marta K. Jamróz, Michał H. Jamróz, Jan Cz. Dobrowolski, Jan A. Gliński, Matthew H. Davey, Iwona Wawer. Novel and unusual triterpene from black cohosh. Determination of structure of 9,10-seco-9,19-cyclolanostane xyloside (cimipodocarpaside) by NMR; IR and Raman spectroscopy and DFT calculations. Spectrochim. Acta A 2011, 78, 107–112 link

1. Marta K. Jamróz, Joanna Bąk, Jan A. Gliński, Agnieszka Koczorowska, Iwona Wawer. Molecular structure of actein: ¹³C CPMAS NMR, IR, X-Ray diffraction studies and theoretical DFT-GIAO calculations. J. Mol. Struct. 2009, 933, 118–125 link